土壤菌肥不匹配。土壤有酸堿之分，中性和微酸性土壤宜施用細菌性菌肥，堿性土壤宜施用絲狀微生物的藻類菌肥，施用后可固定空氣中的氮。其實土壤中的微生物很多，數量很大，大部分微生物對作物的生長發育、土壤團粒結構、物質循環有很大的影響。

土壤不利于微生物存活。果園多年不施或淺施有機肥造成土壤板結，存氧量差，根系生長緩慢。除草劑的殘留直接破壞了土壤團粒結構使土壤微生物死亡。果園施用菌肥后土壤中沒有足夠的微生物使菌肥發酵繁衍形成有效菌群，阻礙了肥效的發揮。

對菌種不了解。每種菌肥有它的屬性和作用，如球狀芽孢桿菌是細菌殺蟲菌、EM菌是抗重茬菌、乳狀芽孢桿菌是長效細菌殺蟲菌。枯草芽孢桿菌能有效防治根系周圍的真菌使作物免受侵害。

施用溫度和方法不對。菌肥一般要求地溫在5～35℃內施用，低于5℃時菌種不能繁殖，高于35℃菌種會被燒死。菌肥最好單獨施用，不要和大肥(氮、磷、鉀)混合施用。正確的施肥方法是采取溝施，挖寬30公分、深25～35公分的溝，先施入大化肥，填一層10公分左右的土，再施菌肥，這樣可避免大化肥水溶下滲殺死菌種的機會。

土壤中有機質不足。施用菌肥的關鍵是不斷培養土壤中的微生物。土壤中有足夠的有機物或腐殖質被微生物利用，并且在土壤中繁殖，激活營養。實行果園生草制，草長到15～20公分時刈割覆蓋地面，1年多次，2年全園普翻1次，以利提高果園土壤腐殖質的含量。3～5年施1次發酵好的牛、豬、羊、雞兔等家畜禽糞，為菌肥菌種的繁殖提供充足的基質，為果樹提供中、微量元素，減少小葉、黃葉等生理病害的發生。